Schäferhaus zuletzt geändert am 13.03.2004
Der Name Schäferhaus geht auf eine 1719 (andere Quellen nennen 1722) im Westen des Flensburger Stadtfeld gegründete Schäferei mit Schankerlaubnis zurück.
Angelegt wurde Schäferhaus im Rahmen der tätigen Armenhilfe der Stadt; die in der Schäferei erzeugte Wolle wurde in einem Arbeitshaus verarbeitet und verkauft, der Erlös kam den Armen zugute.
Besonders erfolgreich war die Schäferei allerdings nicht; Schafe brauchen Weiden und Weiden brauchen Wasser. Das Wasser aber fehlte in Schäferhaus, und so wurde das Vorhaben nach einiger Zeit wieder aufgegeben.
Allerdings führte auch der Ochsenweg durch das Gebiet Schäferhaus, was der dortigen Gastwirtschaft reichlich Umsatz einbrachte, und die deshalb wesentlich länger Bestand hatte als die Schäferei (und auch heute noch existiert).
Im 19. Jahrhundert wurde Schäferhaus dann in einen Exerzierplatz umgewandelt, später in einen regulären Truppenübungsplatz.
Im nördlichen Teil von Schäferhaus wurde in den 20er Jahren des 20. Jahunderts ein Flugplatz für militärische Nutzung eingerichtet. Nach dem Ende des 2. Weltkriegs wurde der Flugplatz dann aber ausschließlich zivil genutzt.
Als Anfang der 90er Jahre des 20. Jahrhunderts in der Folge des Endes des Kalten Krieges eine allgemeine Verringerung der Militärpräsenz einsetzte, wurde auch die Nutzung von Schäferhaus als Truppenübungsplatz aufgegeben. Geblieben ist allerdings noch eine Panzererprobungsstrecke für einen Instandsetzungsbetrieb im Nordwestteil des Geländes.
Heute ist das Gebiet Schäferhaus ein Naturschutzgebiet, das "Stiftungsland Schäferhaus".